Em 1987, recordava o então bispo da diocese, D. Alberto Cosme do Amaral, que “o Colégio de São Miguel nasceu pequeno como as plantas e os homens. Foi aí por 1960 que a Paróquia de Fátima com a ajuda das Escravas do Divino Coração de Jesus, oriundas da ilha de São Miguel, Açores, e residentes em Aljustrel se lançou numa experiência de ensino, para lá da escola primária.

Meninos intelectualmente capazes, não tinham acesso a outro nível de ensino, porque eram pobres e as escolas eram longe. Na Cova da Iria existia apenas o Colégio do Sagrado Coração de Maria, só para meninas.

Naquele mini-colégio de São Miguel, ali junto da Igreja Paroquial, as crianças preparavam-se para fazer o exame de admissão ao liceu e, mais tarde, para fazer os exames do primeiro e segundo anos liceais. A situação legal, porém, era um pouco ambígua. Esta, a pequena pré-história do que é hoje o Colégio Diocesano de São Miguel em Fátima.

Em 1962, o meu querido e sempre venerado predecessor, D. João Pereira Venâncio, cujo vulto mais se engrandece no decurso do tempo, decidiu a fundação do Colégio Diocesano de São Miguel em Fátima, encarregando o Pároco, Pe. Manuel António Henriques, de desencadear as ações adequadas e necessárias para a sua concretização.”